以学科发展动态为导向。学校自2008年以来，坚持每年编制《学科建设白皮书》，系统总结和梳理近三年各个学科的核心指标数据以及学科建设总结、规划和发展思路，为学校及时掌握学科发展动态，促进学科申报、评估等工作提供重要参考。

　　以目标管理为抓手。制定《合肥工业大学学科建设目标管理实施办法》，针对不同层次、不同学科量化具体的建设目标和建设内容，并依据评估指标体系从师资队伍与资源、科学研究、人才培养质量及年度建设成效等四个方面进行年度考核，考核结果直接与绩效挂钩。通过目标管理，落实学科建设责任，推动学科建设管理体制改革，提高学科建设与发展效益。

　　以分层建设为重点。实施学科“争前进十”计划，按照“统筹兼顾、突出重点、强化特色、注重基础、全面推进”的原则，学校将所有学科按照不同类型、性质、现状和基础等分为四个层次，加大专项投入力度，进行分层建设。近几年，学校每年投入3000多万元专项用于学科建设，现有四个国家重点（培育）学科，在2012年第三轮国家学科评估中，管理科学与工程、地质学及仪器科学与技术三个学科跻身学科排名前十。

　　以平台建设为支撑。学校借助“211工程”和“985工程”优势学科创新平台等学科建设重点项目，按照“扶优、扶特、扶强”的原则，投入近亿元，建设了分析测试中心、高性能计算中心等学科建设共享平台，投入近7000万元，构筑近30个学科平台，有效促进学科建设发展。